Aydın Alper, Türk genel cerrah ve akademisyenidir. 1948 yılında İstanbul'da doğan Alper, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi'nden mezun olduktan sonra genel cerrahi uzmanlık eğitimini tamamlamıştır.
Alper, özellikle karaciğer ve safra yolları cerrahisi alanlarında uzmandır. İstanbul Tıp Fakültesi'nde öğretim üyeliği yapmış ve Türk Cerrahi Derneği başkanlığı görevini de üstlenmiştir. Aynı zamanda, Avrupa Cerrahi Derneği, Uluslararası Cerrahi Derneği, Avrupa Karaciğer ve Safra Yolları Cerrahisi Derneği gibi uluslararası cerrahi derneklerinin de üyesidir.
Dr. Aydın Alper, karaciğer ve safra yolları cerrahisi konusunda yaptığı çalışmalarla tanınmaktadır. Türkiye'de ilk kez gerçekleştirilen karaciğer transplantasyonu ameliyatını gerçekleştirmiş ve bu konuda uluslararası düzeyde çalışmalar yapmıştır. Ayrıca, uluslararası dergilerde yayınlanan pek çok makalenin yazarıdır.
Dr. Aydın Alper, Türk cerrahi topluluğunda önemli bir isimdir ve cerrahi eğitim konusunda da aktif bir rol almıştır. Cerrahi teknikler ve ameliyat sonrası bakım konusunda eğitimler vermiş ve pek çok öğrenciye cerrahi eğitimi vermiştir.